Pubblicazioni selezionate

Lavori recenti

Il software che sviluppiamo per l'analisi dell'eDNA e una selezione degli articoli del gruppo. I titoli sono in inglese, come nei repository e nelle riviste originali.

Software

Strumenti che sviluppiamo

Pacchetti e pipeline open source nati dal lavoro del gruppo, pensati per essere riusati da altri laboratori.

aasv

Pacchetto R per Windows che valuta se le varianti di sequenza (ASV) di metabarcoding COI rappresentano sequenze biologiche autentiche: scarica le referenze da BOLD, allinea a livello di amminoacidi e produce un indice di funzionalità.

R v0.1.0 GPL-2+

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metabarpipe

Pipeline R organizzata per Windows che sfrutta vsearch e cutadapt per il processamento di dati di metabarcoding ambientale.

R v0.1.1

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biomonitoR

Pacchetto R per gestire informazioni tassonomiche e funzionali e calcolare indici di biomonitoraggio delle acque correnti, con un focus sulla comunità dei macroinvertebrati.

R v0.9.3 GPL-2.0

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Articoli

Pubblicazioni scientifiche

2026 Species identification, discovery, and biomonitoring: Strategic priorities for DNA barcoding in Europe, set in a global context Hollingsworth, P.M. · Fantoni, K. · Koureas, D. · Arakelyan, M. · Aravanopoulos, F.A. · Bacela-Spychalska, K. · Ballesteros-Mejia, L. · Beja, P. · Bonchev, G. N. · Bou Dagher Kharrat, M. · Bourlat, S.J. · Chkhartishvili, T. · Čiampor, F. · Costa, F.O. · Csabai, Z. · Dankova, G. · Ekrem, T. · Emerson, B. · Ferreira, S. · Gadawski, P. · Gkagkavouzis, K. · Hebert, P.D.N. · Ichim, M.C. · Jelić, M. · Kaitetzidou, E. · Kalamujić Stroil, B. · Kamenova, S. · Keskin, E. · Laini, A. · Lawnicza, M. · Madesis, P. · Montagna, M. · Mutanen, M. · Peters, R. S. · Price, B. · Rewicz, T. · Rougerie, R. · Rulik, B. · Szucsich, N. · Vos, R. · Goodal-Copestake, W.P. · Triantafyllidis, A. · Grabowski, M. Bioscience

2026 Soil microbial communities and carbon and nitrogen forms across snow-driven vegetation types in alpine tundra Benech, A. · Pintaldi, E. · Voyron, S. · Gruppuso, L. · Marengo, G. · Lombardi, G. · Girlanda, M. · Freppaz, M. Frontiers in Microbiology

2024 DNA barcoding reference libraries of Italian Plecoptera: a gap analysis Laini, A. · Fenoglio, S. · Bo, T. The European Zoological Journal

2023 Dissecting biodiversity: assessing the taxonomic, functional and phylogenetic structure of an insect metacommunity in a river network using morphological and metabarcoding data Laini, A. · Stubbington, R. · Beermann, A.J. · Burgazzi, G. · Datry, T. · Viaroli, P. · Wilkes, M. · Zizka, V.M.A. · Saccò, M. · Leese, F. The European Zoological Journal

2023 When nets meet environmental DNA metabarcoding: integrative approach to unveil invertebrate community patterns of hypersaline lakes Campbell, M. · Laini, A. · White, N.E. · Allentoft, M.E. · Saccò, M. Journal of Oceanology and Limnology

2020 Exploring the potential of metabarcoding to disentangle macroinvertebrate community dynamics in intermittent streams Laini, A. · Beermann, A.J. · Bolpagni, R. · Burgazzi, G. · Elbrecht, V. · Zizka, V.M.A. · Leese, F. · Viaroli, P. Metabarcoding and Metagenomics